أجريت أول انتخابات لاختيار نصف عدد أعضاء المجلس الوطني الاتحادي في عام 2006 عن طريق هيئات انتخابية شكلت في كل إمارة،
وذلك تنفيذا لقرار المجلس الأعلى للاتحاد رقم (4) لسنة 2006م بشأن تحديد طريقة اختيار ممثلي الإمارات في المجلس الوطني الاتحادي، وما تبعه من صدور قرار رئيس الدولة رقم (3) لسنة 2006 في شأن تحديد طريقة اختيار ممثلي الإمارات في المجلس الوطني الاتحادي، والذي جعل الحد الأدنى لعدد أعضاء الهيئة الانتخابية في كل إمارة بما يعادل (مائة) مضاعف عدد ممثلي الإمارة في المجلس الوطني الاتحادي كحد أدنى (8 أعضاء لكل من أبوظبي ودبي، و6 أعضاء لكل من الشارقة ورأس الخيمة، و4 أعضاء لكل من الفجيرة وعجمان وأم القيوين). على أن يتم تعيين النصف الآخر من قبل حاكم الإمارة.
وقد بلغ عدد المرشحين لعضوية المجلس الوطني الاتحادي في هذه الانتخابات من كافة إمارات الدول (456) مرشحاً، بواقع (100) عن إمارة أبوظبي بنسبة (21.9%)، و(82) عن إمارة دبي بنسبة 18%، و101 عن إمارة الشارقة بنسبة 22.1%، و24 عن إمارة عجمان بنسبة 5.3%، و29 عن إمارة أم القيوين بنسبة 6.4%، و83 عن إمارة رأس الخيمة بنسبة 18.2%، و37 عن إمارة الفجيرة بنسبة 8.1%.
وقد اعتمدت اللجنة الوطنية للانتخابات نظام التصويت الإلكتروني بدلاً من نظام الاقتراع التقليدي، من خلال استخدام تقنيات الحاسب الآلي لتسجيل وتخزين بيانات المرشحين والناخبين، والتحقق من هوية الناخبين لمباشرة التصويت إلكترونياً، ثم فرز وعد الأصوات لكل مرشح، وهي عملية تميزت بالدقة والسرعة.
وقد بلغت نسبة المشاركة في هذه الانتخابات على مستوى الدولة 74.4%: بواقع 60% في أبوظبي، و71.05% في دبي، و82.20% في الشارقة، و85.09% في عجمان، و88.83% في أم القيوين، و78.98% في رأس الخيمة، و90.41% في الفجيرة.